Село Кистер на реке Варе и Кистре, часть его, называемая Сеньковка, находится на возвышенном месте и получила свое название, по местному преданию, от некоего Сенька, первого поселенца Кистерского, устроившего плотину на реке Варе. Вслед за Сеньком начали являться и другие поселенцы и вероятно в значительном количестве, потому, что очищая лес, покрывавший всю местность нынешнего села, они складывали его в костер от чего полагают и произошло название Кистер. Преосвятейший Филарет Черниговский думает что таковое заселение последовало в эпоху Литовского владения краем (1320-1490). Из древнего акта видно, что в 1665 году в Кистре был священник и следовательно храм Пресвятыя Троицы. "Року 1665 дня 2 февраля пред урядом и судом меским Стародубский обыватель Кистерский из швагром своим Сидором Моисеевичом скаргу прекладали на Корния Дмитровича о забойстко жены его Куприя Марии; Карний в ручници Кудриеву жену забил, на том уряде неинстигуючи на горло Корния сами добровольне уговорили при священнику Кистерском их духовном". Местное предание приписывает построение первого храма священнику Боярскому; но, судя по времени, вероятно, это был не первый храм. Священник Боярский в 1708 году был умервщлен партиею шведов прежде, чем господин Гольц успел исполнить, возложенное на него поручение защитить Кистер (Линевича описание Черниговской губернии, 1847 год). Некоторые Кистерские жители говорятъ что село их получило имя от растения, называемого местно Костер, которое в изобилии росло вместе с рожью на полях первых поселенцев.