Родился 8 (21) марта 1911 года в городе Ряжск Рязанской губернии (ныне Рязанской области). Русский. В 1927 году окончил 7 классов школы в городе Егорьевск (Московская область), в 1929 году – Московские областные курсы по подготовке в высшие технические учебные заведения. В 1929-1930 годах работал преподавателем ликбеза в школе в селе Нагорное (Ряжский район Рязанской области), в мае-сентябре 1930 года – военно-физкультурным работником Ряжского райкома комсомола, в 1930-1933 – подмастерьем, помощником мастера и мастером на трикотажной фабрике в Москве. В армии с декабря 1933 года. Служил командиром взвода в танковых войсках (в Московском военном округе). В 1936 году экстерном окончил Орловское бронетанковое училище. Участник боевых действий в Испании с августа 1937 года по апрель 1938 года в должности командира танкового взвода. В бою у села Фуэнтес-де-Эбро (26 км юго-восточнее города Сарагоса, Испания) его танк был подбит и окружен противником. В течение суток отстреливался из горящего танка. Когда закончились боеприпасы, сумел с экипажем вырваться из окружения. За мужество и героизм, проявленные в боях, лейтенанту Лапутину Сергею Яковлевичу 14 марта 1938 года присвоено звание Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина. 4 ноября 1939 года ему была вручена медаль "Золотая Звезда" №70. В 1941 году окончил Военную академию бронетанковых и механизированных войск. Служил в танковых войсках (в Западном военном округе). Участник Великой Отечественной войны: в июне-июле 1941 – командир батальона и командир 13-го танкового полка (Западный фронт). Участвовал в оборонительных боях в Белоруссии, попал в окружение. До декабря 1941 года партизанил в составе мелких групп в Белоруссии. В январе-апреле 1942 – начальник боевой подготовки, а в апреле-сентябре 1942 – начальник штаба Навлинского партизанского отряда, действовавшего на территории Брянской области. В сентябре-декабре 1942 – начальник штаба Северного боевого участка Навлинского партизанского отряда, в декабре 1942 – феврале 1943 – начальник штаба партизанской бригады имени Д.Е. Кравцова (Брянская область). С апреля 1943 года был начальником штаба и командиром учебного танкового полка. В 1947-1949 – заместитель начальника и начальник отдела в Управлении боевой подготовки бронетанковых и механизированных войск ВС СССР. В 1951 году окончил Военную академию Генштаба. В мае 1952 – декабре 1955 находился в загранкомандировке в Чехословакии в качестве военного советника командира танкового корпуса. C 1956 года служил старшим офицером в 10-м Управлении Генерального штаба ВС СССР. С августа 1960 года полковник С.Я. Лапутин – в запасе. В 1960-1967 годах работал инспектором и старшим инспектором автомотоподготовки в ЦК ДОСААФ. Полковник (1948). Награжден орденом Ленина (14.03.1938), 2 орденами Красного Знамени (1943; 30.04.1954), орденами Отечественной войны 1-й степени (11.03.1985), Красной Звезды (15.11.1950), медалью «Партизану Отечественной войны» 1-й степени (1943), другими медалями. Жил в Москве. Умер 1 апреля 1985 года. Был похоронен в Ряжске, в сентябре 2011 года перезахоронен на Николо-Архангельском кладбище в Москве.