Этот небольшой, наскоро возведённый деревянный храм стал первым храмом новоустраиваемой обители. Разрешение на его постройку белобережские монахи испрашивали не один год, и только в феврале 1721 года добились желаемого. В Указе императора Петра I о построении в Пустыни деревянного храма, в частности, сказано: …верх на той церкви сделать по чину против прочих церквей, деревянный, а не шатрово. И алтари сделать кругло тронна, а в церкви в алтарной стене Царские двери белые попросту, и по правую их сторону Южные, а по левую Северные…
К освящению храма Евдокия Фёдоровна Лопухина, первая жена Петра I, пожертвовала обители три иконы: Святой Троицы, Владимирской Богоматери и Иоанна Предтечи. До настоящего времени не сохранилось никакого описания этого храма, но, по-видимому, он был оформлен довольно скромно и ничем не примечателен в плане архитектуры. В 1787 году деревянная Предтеченская церковь, по причине ветхости, "по указу Орловской Духовной Консистории, разломана и сожжена, а на оном месте, где престол был, построен деревянный сруб".
В настоящее время в одном уцелевшем служебном корпусе расположена церковь Рождества Иоанна Предтечи. Действует.